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La historia del Albergue Eco Turístico Sabeti Lodge empieza cuando un Plan de Manejo Eco turístico fue elaborado participativamente entre el Centro para el Desarrollo del Indígena Amazónico (CEDIA) y la comunidad nativa Timpía. En 1997 aparece en escena la institución Perú Verde, liderada por el biólogo estadounidense Charles Munn, y conociendo el potencial de la comunidad y la región, ofrece conseguir los recursos para ejecutar el Plan de Manejo mencionado. Se suscribió un convenio tripartito entre la comunidad, el CEDIA y Perú Verde.
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El proyecto se inició en mayo de 1998 y concluyó en octubre de 1999 con la inauguración del albergue con la participación de distintas autoridades locales y regionales. Como la inauguración del albergue coincidió con el fin de temporada turística de ese año, las operaciones fueron iniciadas el año 2000.
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El albergue funcionó los años 2000 y 2001, construyéndose inclusive una casa para el visitante junto al aeropuerto de la comunidad. A finales de 2001, la comunidad firma un convenio de exclusividad con InkaNatura Travel. Luego de este convenio, desde el 2002 al 2004 el albergue no recibió visitantes, paralizando sus actividades. El año 2005 se termina el convenio y se impulsa la idea del relanzamiento del albergue con una gestión independiente de la comunidad.
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Entre el año 2005 y 2006, con la ayuda de OXFAM América, el Fondo para las Américas (FONDAM) y el CEDIA, el albergue se reestructura y un grupo de integrantes de la comunidad son capacitados para gestionar el albergue Sabeti Lodge. Luego del proceso, el albergue se reinaugura en setiembre de 2006, con el equipo de la comunidad listo para recibir a los nuevos visitantes.